Подсистема удержания комиссий является легко конфигурируемой. Конечный пользователь может самостоятельно добавлять новые виды комиссий и редактировать параметры старых. Любая из комиссий может быть подключена к использованию в рабочих местах операторов или включена в обработку платежных схем. При обработках платежных схем может удерживаться любое количество комиссий. Комиссии с различными параметрами могут привязываться  к видам карточных платежных систем, видам счетов, отделениям, группам карт, балансовым группам, кредитным и депозитным продуктам, мерчантам, устройствам, торговым организациям  или к различным комбинациям перечисленных параметров (например, к карточному продукту-виду операции, филиалу-виду пластика-виду операции, филиалу-кредитному продукту  и т.п.). Предусмотрена возможность оформления комиссии в виде отложенного платежа с его проплатой после появления денежных средств на счете.